원래 안용복은 어부이었지만, 왜관을 드나드는 통역관으로서 일본어에 능하였고, 전선(戰船)에서 노를 젓는 일을 맡은 경상좌수영 소속 능로군이었다. 흥국사 주지 뇌헌은 전라좌수영 소속의 승장이었고, 나머지 4명의 승려들도 모두 의승수군이었다.
이처럼 안용복은 국가를 위해 비장한 각오로 사전에 치밀한 계획과 준비로 도일하여 호키주 태수를 통해 막부에 대마도에 서계를 빼앗긴 사실과 울릉도와 독도의 영유권 주장 사실을 고발하기 위해 비정식 외교루터로 일본행을 감행했던 것이다.
안용복 일행은 호키주 태수를 만나 “울릉도와 독도가 조선의 강원도 소속”이라고 하는 “조선팔도지도(朝鮮八道之圖)”라는 지도를 보여주며 영유권을 주장하였다. 이에 대해 호키주 태수는 이미 막부가 1696년 1월 정식으로 울릉도를 조선영토로 인정하고 일본인들의 울릉도도항을 금지시킨 사실을 언급하여 울릉도와 독도가 조선영토라는 확인서를 주었다.
안용복은 2차도일에서 대마도주의 행태를 막부에 고발하였고 막부도 울릉도와 독도의 영유권이 한국에 있다는 사실을 대마도에 알렸다. 그렇지만 대마도는 그 사실을 조선에 알리지 않았다.
사실상 대마도를 중재로 정식외교루터를 통한 조선조정과 막부간의 울릉도 영유권 담판도 이미 끝난 상태나 마찬가지였다.
안용복 일행은 막부의 지시에 따라 호키주 태수로 부터 대마도를 거쳐 정식외교루터로 귀국을 요청받았지만, 그것을 정중히 사양하고 1696년 8월 비정식 외교루터로 강원도 양양으로 귀향하였다.
1696년 9월 안용복은 비변사로부터 조사를 받았다. 사헌부는 월경죄와 관직 사칭죄로 처형을 요청했다. 1697년 2월에 대마도가 “울릉도를 조선 땅으로 확인한다”고 하는 에도막부의 결정을 받았다.
영의정 유상운이 울릉도와 독도 영유권을 해결한 공적을 인정하여 처형을 반대해서 1697년 3월 안용복의 죄는 감형되어 유배형을 받고 1697년 4월 유배를 떠났다. 조선과 막부 사이에  정식외교 루터로 울릉도 독도 영유권 문제가 완전히 해결된 것은 1699년의 일이었다. 
안용복의 1차도일은 막부가 울릉도와 독도가 조선영토임을 확인시키는데 기여하였고, 안용복의 2차도일(1696년 5월-8월)은 막부를 통해 정식외교 루터인 대마도가 울릉도 영유권 주장을 포기하도록 하는데 크게 기여하였다. 그럼에도 불구하고 안용복은 1차도일 때는 일본에 건너간 불법 월경죄로 곤장100대, 박어둔은 곤장80대를 맞고 2년간의 옥살이를 당했다. 2차도일 때는 불법 월경죄와 관직 사칭죄에 의해 처형당할 위기에 놓여있었으나 영유권과 어업권을 확보한 공로자로 인정받아 유배형으로 감형되었던 것이다.
이처럼 숙종실록 등 조선왕조의 관찬문헌에 기록된 안용복 진술은 문화적 차이로 미세한 부분에 있어서 다소 오류가 존재할지는 몰라도 대체적으로 사실과 일치한다. 왕조시대에 죽을죄를 지은 죄인이 거짓말로 잘못을 숨기고 목숨을 부지할 수 있는 시대는 아니다.
그런데 오늘날 일본정부는 안용복 월경사건에서 막부가 울릉도와 독도가 한국영토임을 인정하였고, 대마도가 울릉도 독도의 영유권 주장을 포기한 성과를 애써 부정하고 있다.
만일 이를 부정하지 않으면 1905년 독도가 무주지이기 때문에 “다케시마”라는 이름으로 일본영토에 편입했다는 일본의 주장이 성립되지 않기 때문이다. 그래서 일본 내각관방부의 영토주권대책기획조정실의 홈페이지에 안용복의 공적에 대해 “조선조정과 막부 간의 교섭은 합의에 이르지 못하고 결렬되었다.”그러나 “1696년1월에 막부(幕府)가 도해금지를 결정한 이유는 이웃나라와 우의를 잃는 것은 득책이 아니기 때문이다”라고 하여 우호관계를 배려하여 영유권을 포기했다는 주장한다.
또한 막부의 “도해금지는 울릉도에 한한 것이고, 다케시마(竹島, 독도)도항은 금지하지 않았다”라고 주장한다. 그리고 “안용복은 조선국의 대표도 아니고, 안용복의 언동, 행동은 사적인 것일 뿐이다. 당시 조선국은 안용복의 언행에 대해 조정(王朝)과 관계가 없다고 하여 추인을 하지 않았다.” “안용복이 조선에 귀국하여 왕조의 관리에 대해 행한 진술내용은 사실과 다른 점이 많고 신빙성이 결여되어있다”라고 하여 안용복이 공적을 모두 부정하고 있다.
이러한 일본정부의 주장은 억지 주장에 불과하고 전혀 설득력이 없음을 알 수 있다.
첫째, 1696년1월에 막부(幕府)가 도해금지를 결정한 이유는 이웃나라와 우의를 잃는 것은 득책이 아니기 때문이다”라고 주장한다. 즉 자국의 영토인 울릉도를 우호관계를 위해 조선의영토로 인정하였다는 주장은 논리적 모순이다. “돗토리번답변서”를 통해 울릉도와 독도가 일본영토가 아니라는 사실을 확인하였기 때문에 한국영토로 인정했던 것이다.
둘째, “조선조정과 막부 간의 양국 교섭은 합의에 이르지 못하고 결렬되었다.”고 주장한다. 안용복의 1차도일로 1696년 막부는 영유권을 조사한 후 스스로 조선영토임을 인정하였고, 안용복의 2차도일로 1697년 대마도가 막부의 지시에 따라 정식외교 루터로 조선에 통보하여 울릉도와 독도가 조선영토임을 인정하였던 것이다.
셋째, 막부의 “도해금지는 울릉도에 한한 것이고, 다케시마(竹島, 1905년 이후의 독도)도항은 금지하지 않았다”라고 주장한다. 막부는 안용복의 주장을 확인하기 위해 돗토리번에 울릉도와 독도의 영유권을 조사하도록 하였고, “돗토리번답변서”를 통해 울릉도와 독도가 일본영토가 아님을 확인했다. 
넷째, “안용복은 조선국의 대표도 아니고, 안용복의 언사와 행동은 사적인 것일 뿐이다.”라고 주장한다. 즉 안용복의 월경사건으로 양국 간의 외교문제로 비화되어 막부가 “돗토리번답변서”를 통해 소속을 확인하고 스스로 울릉도와 독도를 조선영토임을 인정했던 것이다. 
다섯째, “안용복이 조선에 귀국하여 왕조의 관리에 대해 행한 진술내용은 사실과 다른 점이 많고 신빙성이 결여되어있다”라고 주장한다.
즉 안용복의 1차도일 때에 서계를 받았고 대마도에 빼앗겼다고 하는 진술내용은 막부가 울릉도와 독도를 한국영토로 인정한 것으로 사실임이 확인되었고, 2차도일로 대마도가 울릉도와 독도의 영유권 주장을 포기한 것으로 볼 때 안용복의 진술이 대부분 사실임이 밝혀졌다.